เมื่อน้ำแข็งในทะเลละลายเนื่องจากอุณหภูมิที่ร้อนขึ้นจากการเปลี่ยนแปลงของสภาพอากาศ สิ่งมีชีวิตเหล่านี้กำลังสูญเสียที่อยู่อาศัย จากการศึกษาของกองทุนสัตว์ป่าโลกสากล (WWF) ในปี 2551ประมาณว่า 50% ของเพนกวินจักรพรรดิและ 75% ของเพนกวินอาเดลีมีแนวโน้มลดลงหรือหายไปหากอุณหภูมิเฉลี่ยทั่วโลกสูงขึ้นเกินระดับก่อนยุคอุตสาหกรรมเพียง 2  ความรู้ทั่วไปเกี่ยวกับเพนกวิน  องศาเซลเซียสภัยคุกคามที่สำคัญอื่นๆ ที่มนุษย์มีต่อสายพันธุ์เพนกวิน ได้แก่ การตกปลามากเกินไป การล่าโดยมนุษย์ การล่า และมลพิษ จากข้อมูลของ WWF การตกปลาเชิงพาณิชย์ในภูมิภาคมหาสมุทรใต้สามารถเพิ่มการแข่งขันระหว่างสายพันธุ์เพนกวิน เนื่องจากจำนวนปลาที่มีให้กินลดลง การประมงเชิงพาณิชย์อาจนำไปสู่การจับเพนกวินโดยไม่ได้ตั้งใจและการจมน้ำในอวนจับปลา