กุ้งแคระที่แข็งแรงจะขยายพันธุ์ได้รวดเร็วและมีลูกดกมากขึ้น และอาหารก็เป็นปัจจัยนำเข้าต่อสุขภาพของกุ้งแคระ เพื่อให้แน่ใจว่ามีสภาวะการเพาะพันธุ์ที่เหมาะสมที่สุดสำหรับกุ้งแคระ จะต้องมีแหล่งอาหารที่คงที่ ไม่ว่าจะเป็นตู้ปลาที่มีสาหร่ายเกิดขึ้นตามธรรมชาติจำนวนมาก หรืออาหารที่มีไว้สำหรับกุ้งแคระโดยเฉพาะ ตราบใดที่มีแหล่งอาหารที่มั่นคง กุ้งแคระจะขยายพันธุ์อย่างรวดเร็ว เมื่อครบตามเงื่อนไข 3 ข้อ และกุ้งคู่เพศโตเต็มวัยแล้ว กระบวนการผสมพันธุ์ก็จะเริ่มขึ้น อันดับแรก วิธีเลี้ยงกุ้งแคระ ตัวเมียจะพบจุดซ่อนตัวที่สะดวกสบายในตู้ปลา เมื่อเธอรู้สึกสบายตัวแล้ว เธอจะลอกคราบ (การลอกคราบเป็นการผลัดเซลล์ภายนอกเพื่อให้สัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังเจริญเติบโตได้) หลังจากลอกคราบแล้ว ตัวเมียจะปล่อยฟีโรโมนออกมาในน้ำเพื่อบ่งบอกว่ากุ้งตัวผู้พร้อมที่จะผสมพันธุ์แล้ว ฟีโรโมนในน้ำบางครั้งจะทำให้กุ้งตัวผู้ว่ายน้ำผิดจังหวะเพื่อค้นหาตัวเมีย เมื่อผู้ชายพบผู้หญิงเขาจะแต่งงานกับเธอ พวกมันจะผสมพันธุ์กันแบบท้องต่อท้อง และตัวผู้จะฝากสเปิร์มไว้ กระบวนการนี้ใช้เวลาไม่นานนัก และเนื่องจากตัวเมียซ่อนตัวอยู่บ่อยครั้ง จึงไม่ค่อยมีใครสังเกตเห็น