ในผู้ที่มีอาการเรื้อรัง ระดับโปรตีน C-reactive สูงขึ้นเล็กน้อยมีการสังเกต (CRP) ซึ่งบ่งบอกถึงการอักเสบเรื้อรังอย่างต่อเนื่อง อย่างไรก็ตาม มีหลักฐานเพียงเล็กน้อยที่เชื่อมโยง โรค ไวรัสชิคุนกุนยา เรื้อรัง กับการพัฒนาภูมิต้านทานตนเอง ชิคุนกุนยา ได้รับการวินิจฉัยตามเกณฑ์ทางคลินิก ระบาดวิทยา และห้องปฏิบัติการ ในทางการแพทย์ การมีไข้สูงอย่างเฉียบพลันและปวดข้ออย่างรุนแรงจะทำให้สงสัยว่าเป็นโรคชิคุนกุนยา เกณฑ์ทางระบาดวิทยาประกอบด้วยว่าบุคคลนั้นเคยเดินทางไปหรือใช้เวลาในพื้นที่ที่มีชิคุนกุนยาอยู่หรือไม่ภายในสิบสองวันที่ผ่านมา (เช่น) ระยะฟักตัวที่เป็นไปได้) เกณฑ์การตรวจทางห้องปฏิบัติการรวมถึงจำนวนลิมโฟไซต์ที่ลดลงซึ่งสอดคล้องกับviremia อย่างไรก็ตาม การวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการขั้นสุดท้ายสามารถทำได้ผ่านการแยกเชื้อไวรัส, RT-PCR หรือการวินิจฉัยทางเซรุ่มวิทยา การวินิจฉัยแยกโรคอาจรวมถึงโรคอื่นๆ ที่มียุง เป็นพาหะเช่นไข้เลือดออกหรือมาลาเรียหรือการติดเชื้ออื่นๆ เช่นไข้หวัดใหญ่ polyarthralgia กำเริบเรื้อรังเกิดขึ้นอย่างน้อย 20% ของผู้ป่วย chikungunya หนึ่งปีหลังการติดเชื้อ ในขณะที่อาการดังกล่าวพบไม่บ่อยในไข้เลือดออก